Pour ce faire, jouer cette requete sur votre serveur MySQL.

Attention : toutes les tabels de toutes les bases seront impactées !

SELECT CONCAT('ALTER TABLE ',table_schema,'.',table_name,' ENGINE=InnoDB;')
FROM information_schema.tables
WHERE 1=1
AND engine = 'MyISAM'
AND table_schema NOT IN ('information_schema', 'mysql', 'performance_schema');